珠江新城APM长度虽仅为3.88公里，但工程的总造价却高达惊人的21亿元人民币。而每公里5.35亿人民币的造价，足以令珠江新城APM成为全球最昂贵的胶轮路轨系统。据新快报披露，珠江新城旅客自动输送系统估价高达18亿元人民币（实为21亿元），APM启用至今日均客流仅7000人，与地铁公司预计的2010年至2011年日均客流量5万人次相距甚远。此外，站点出入口又少又隐蔽、收车时间太早（晚上8时）、 单独一票制等等均被人大代表和市民质疑。面对这些情况，规划专家在1月25日接受新快报采访时则表示“如今评价为时尚早”，并解释说因为APM是为CBD的上班族所建，如今在这里上班的人与规划就业人口还相差什远。“所以，要看 APM发挥了多大作用，应该在十年之后”。而正在参加广东省十一届人大四次会议的广州地铁前总经理、广东省人大代表卢光霖1月26日在接受新快报采访时则表示，未来APM的功能将在珠江新城配套设施建设完毕，20多万人进驻时才能显现。但二人均没有对极为昂贵的工程造价作出回应。

虽然地铁公司宣称APM线运载能力能够达到“单向每小时10028人”的高运量，但实际上在广州地铁只购进了14辆车的情况下，运力最高只能达到4500人单向每小时。如果要达到广州地铁所宣称的运力，则需要继续增购列车，而增购了列车后，APM的总体投资将会远超21亿元人民币。